Что происходит со стоимостью методов анализа данных? Как меняется область функциональной геномики? Какие нерешенные практические вопросы существуют в данной области? На эти и другие вопросы ответил Антон Буздин в ходе лекции, прочитанной 19 апреля 2012 года и опубликованной на сайте РАН (ИБХ)

Один из приемов, который позволяет снизить стоимость секвенирования — это целевое обогащение. Например, нам интересно секвенировать не весь геном, а какую-то группу генов. Для этого подбирается набор одноцепочных олигонуклеотидов, на них отбирается интересующий фрагмент ДНК и секвенируются только они.

Рекомендуем по этой теме:
6669
FAQ: Геномные паразиты человека
Как происходит подготовка библиотек для геномного секвенирования? ДНК разбивается ультразвуком, затем выделяют зону нужного размера, после этого готовится библиотека при помощи «навешивания» адаптеров, нужных для той или иной машины. Затем эта библиотека амплифицируется, после этого определяется концентрация тех последовательностей в библиотеке, которые будут затем амплифицироваться и как-то использоваться, и затем это все отдается на секвенирование.

На стадии подготовки библиотеки очень рельефно проступает PCR-селекция. Можно сделать ошибку, которая сведет эффективность секвенирования на нет. Многие предпочитают не готовить самостоятельно эти библиотеки и передают это тем, кто непосредственно занимается секвенированием, но это существенно увеличивает стоимость.

В новой рубрике мы будем выбирать для вас самые интересные лекции авторов ПостНауки, прочитанные ими на различных площадках, и публиковать в привычном для вас формате. Так мы со временем соберем лучшие выступления ученых в одном месте. Чтобы посоветовать нам лекции, пишите postnauka@postnauka.ru.