Что изучает микробная экология? Как повлияла на исследования микробиологов система Вёзе? И какие перспективы развития и проблемы молекулярной экологии? Об этом рассказывает доктор биологических наук Елизавета Бонч-Осмоловская.
Микроорганизмы очень маленькие. Мы их видим только по их делам, но их самих не видим. Долгое время было совершенно непонятно, как их исследовать экологу. Где-то до 80-х годов XX века микробная экология была такой: может быть, этот микроб что-то делает в природе, а может быть, и не делает. Все было весьма приблизительно. Были некоторые методы, например, радиоизотопный метод, который позволял регистрировать микробный процесс, но он не давал ответа на то, какой микроорганизм это делает.
Очень большие изменения произошли в 80-е годы. Потому что в конце 70-х годов американским исследователем Карлом Вёзе была создана филогенетическая система организмов, основанная на сравнении консервативных участков гена 16S рРНК. В результате все микроорганизмы удалось расположить на дереве. Выявились очень древние группы, которые рано отделились от общего дерева. Удалось сгруппировать микроорганизмы, и более или менее это коррелировало с другими свойствами. Хотя у этой системы было много противников, сейчас она однозначно принята, и это, конечно, колоссальное достижение современной науки.
Если мы исследуем ДНК, то мы исследуем только потенциал этой системы. Потому что микроорганизмы могут находиться в покоящемся состоянии. Конечно, если этих микроорганизмов много, то это уже о чем-то говорит, но тоже не абсолютно. А вот если мы исследуем РНК, то некий ген уже используется для синтеза белка, клетка находится в активном состоянии, и если мы получаем метагеном РНК, то мы получаем состав и функции активной части микробного сообщества. Вот тогда это уже прямое указание на то, что в этом сообществе действительно происходит.
