Какие проблемы возникают при секвенировании геномов? Каким образом мы можем узнать последовательность нуклеотидов в мРНК без секвенирования? Различается ли транскрипция генома в разных условиях? На эти и другие вопросы отвечает профессор по анализу высокой производительности Йенского университета имени Фридриха Шиллера Манья Марц в рамках проекта Serious Science, созданного командой ПостНауки.

Биологам было интересно, что происходит в нашем геноме, из чего состоит геном. Мне интересно узнать, как выглядит мой геном, какие последовательности в нем есть. В моем геноме используются четыре буквы: А, Г, Ц и Т, но в каких последовательностях они существуют, чем я отличаюсь от других людей? Мне интересно это узнать.

Другая возможность — собрать короткие последовательности, ориентируясь на то, как они должны выглядеть изначально. Например, мы имеем грубое представление о том, как должен выглядеть человеческий геном. И если бы мне нужно было бы секвенировать ваш геном, он вряд ли бы значительно отличался по структуре от уже известных.

Определить ген обычно не так просто. Где на самом деле ген начинается и заканчивается? Обычно он не начинается со старт-кодона и не заканчивается на стоп-кодоне, есть также 5’-нетранслируемая область и 3’-нетранслируемая область. К тому же в интронах можно обнаружить много транскрипции, что может также регулировать ген.

Источник: Serious Science